В конце XIX века Алагир — слобода во Владикавказском отделе Терской области (52 версты от Владикавказа и 27 вёрст от станции). К 1 января 1899 года состояло в волости (цитата из очерка Толмачёва С.И. «Селение Алагир»): «а). Коренныхъ жителей 1975 душъ б) Имеретинъ 736 душъ в) Осетинъ 949 душъ г) Разночинцевъ 1998 душъ» Садоводство. 2 церкви, 2 школы; аптека; почтово-телеграфное отделение, казённая и земская почтовые станции, ветеринарный врач. Базар еженедельно.

В декабре 1905 года в Алагире произошло вооружённое выступление крестьян.

На окраине Алагира — бальнеологический курорт Тамиск с источниками сульфидно-сульфатно-магниево-кальциевых вод.

Статус города — с 1938 года.

Во время Великой Отечественной войны 1941-45 город был оккупирован немецко-фашистскими войсками 1 ноября 1942 г. Освобождён 24 декабря 1942 г. войсками Закавказского фронта в ходе контрудара на нальчикском направлении.

Алагир считается старинным историческим городом.