Село Холмогоры (первоначально Колмогоры, Колмогорский городок) известно с XIV века. Словарь Фасмера приводит следующую этимологию этого топонима: Из фининского kalma «смерть; могила» + kari «утес»; лишь в порядке народной этимологии сближено с «холм» и «гора, горы». Однако более вероятным выглядит происхождение от карельских слов kolmo «три» и kari «речной порог».

Первая деревянная крепость новгородцев появилась в конце XIV — начале XV века. В 1613 году выстроен четырёхугольный деревянный кремль с пятью башнями; 8 декабря того же года кремль успешно выдержал осаду польско-литовского войска. Так как старый был размыт половодьем, в 1621 году на противоположном высоком берегу построен новый деревянный кремль с 11 башнями, который сгорел в 1723 году.

В 1492 году из Холмогор вышел в Данию морским путём морской караван с зерном для продажи на европейских рынках. Поскольку этим караваном в Данию было доставлено посольство царя Ивана III, записи об этом походе сохранились в летописях и стали первым документальным свидетельством о появлении в России собственного торгового флота.

ПЕРИОД РАСЦВЕТА

Расцвет Холмогор приходится на конец XVII века, когда вся торговля России с Западной Европой шла через Архангельск. После создания Холмогорской епархии (1682) в город прибыл её первый глава, Афанасий (Любимов), который развернул бурную строительную деятельность в камне. Были возведены кафедральный Спасо-Преображенский собор с колокольней, ансамбль архиерейского дома. Тем же временем датируется приходская церковь в близлежащем селе Матигоры.

В конце XVII века Холмогоры становятся одним из центров русской иконописи. Формируется своеобразный народный промысел — холмогорская резьба по кости.

В 1762 г. архиерейская кафедра была перенесена в Архангельск, и Холмогоры стали приходить в упадок.

МЕСТО ССЫЛКИ

Одна из самых ярких страниц холмогорской истории связана с пребыванием здесь в ссылке «Брауншвейгского семейства». В 1744 г. Холмогоры были избраны местом окончательной ссылки семьи свергнутого российского императора Иоанна VI Антоновича. Сюда были доставлены его отец Антон Ульрих Брауншвейгский, мать Анна Леопольдовна («правительница России», то есть регентша при свергнутом императоре в 1740—1741 гг.), а также их дочери Екатерина и Елизавета. Уже в холмогорской ссылке родились двое других детей — Петр и Алексей. Антон-Ульрих скончался в Холмогорах в 1774 г., где был тайно похоронен. Точное место его захоронения неизвестно.

Одна из поисковых групп объявила, что останки самого Иоанна VI покоятся на месте снесённой Успенской церкви. «Брауншвейгское семейство» покинуло Холмогоры только в 1781 г. (с позволения императрицы Екатерины II выехало в Данию).